세르지피 지역은 본래
투피족 계열의
원주민들이 거주하던 곳으로, 16세기 초
포르투갈의 브라질 식민화 과정에서 본격적으로 편입되었다. 오랫동안
바이아주의 일부로 관리되었으나, 1820년 포르투갈 왕실에 의해 분리되어 독립된 행정 단위가 되었다. 이후
브라질 제국과 공화국 시기를 거치며 사탕수수 재배를 중심으로 한 농업 경제가 형성되었다. 20세기 중반 이후에는 주도 이전과 산업 개발이 진행되었으며, 현대의 세르지피는 소규모 주임에도 안정적인 행정 체계를 갖춘 지역으로 평가된다.