여러 개의 파이프를 건반에 연결한 형식의 오르간이다.

기본적으로 풀무에서 나온 바람을 관으로 불어넣어 소리를 내는 장치이므로 소리의 특색은 관악기와 같다. 크게 두 종류의 관이 있는데 플루 파이프(Flue Pipe)는 휘슬이나 리코더와 마찬가지로 블록이 설치되어 있어서, 공기가 갈라지며 떨리는 것에 의해 소리를 낸다. 리드 파이프(Reed Pipe)는 오보에나 피리(국악기)처럼 얇은 박판이 바람에 의해 떨려서 소리를 낸다. 다만 리드형 목관악기에서 박판이 갈대(Reed)로 만들어지는 것과 달리, 오르간은 금속제 박판을 사용한다. 플루 파이프는 플루트나 리코더 같은 플루트형 목관악기의 음색을 가지며, 리드 파이프는 오보에 같은 리드형 목관악기나 트럼펫 같은 금관악기에 가까운 음색을 가진다.

참고로 파이프오르간의 대부분의 파이프는 일반적으로 주석과 납을 일정한 비율로 섞은 합금이며, 주석의 비율이 높을수록 강하고 예리한 소리를 내며, 납의 비율이 높을수록 여리고 부드러운 소리가 난다고 한다. 주석이 들어가기에 겨울의 한파에 오르간의 파이프가 손상되는 일이 잦았는데, 그런 현상을 보고 주석 페스트라는 질병으로 생각했다. 주석은 일정 온도 이하로 내려가면 원자배열이 바뀌며 금속에서 하얀 가루 형태로 변화하기 때문에 일어난 일이다.

한편 대한민국 전라남도 담양군 담빛예술창고에는 파이프 부분이 대나무로 제작된 오르간이 있다. 2015년 8월에 세계 대나무 박람회 기념 사업의 일환으로 설치되었다. 담빛예술창고 - 아카이브 채널 등에서도 이 오르간으로 한 연주를 접할 수 들어 볼 수 있는데, 의외로 일반적인 오르간과 음색이 별로 다르지 않다.

각 파이프로는 풀무로부터 건반과 스톱(Stop)을 거쳐 바람이 공급된다. 스톱 장치에 의해 한 건반이 어떤 그룹의 파이프와 연결되는지를 결정할 수 있다. 이에 따라 스톱을 잘 조정하면 여러 파이프의 조합으로 매우 다양한 음색을 낼 수 있다. 따라서 파이프의 그룹이 다양할수록 오르간이 낼 수 있는 음색도 다양해진다. 또 스톱을 효과적으로 사용하기 위해 2단 이상의 건반을 가진 경우가 많다.

이 때문에 오르가니스트들은 단순한 손가락과 발놀림 뿐 아니라 연주해야 하는 악기의 구조-건반의 단수와 음전, 스톱 장치의 구조와 파이프의 연결, 페달 커플링 등을 반드시 숙지해야 한다. 전자식이 아닌 스톱을 수동으로 직접 조작해야 하는 오래된 악기일 경우, 전속 연주자가 있는 경우도 많다. 극단적인 경우 오르간이 사정상 다른 곳으로 이사갈 경우 연주자가 덤으로 따라가기도 한다.

그리고 지금이야 전기식으로 스톱 변환을 미리 매뉴얼화해 입력해 두고 간단히 버튼을 눌러 바꿀 수 있지만, 예전에는 수십 개에 달하는 스톱을 일일이 사람 손으로 바꾸어야 했기 때문에 복잡한 스톱 장치 변환을 요하는 곡의 연주에는 오르가니스트 외에 스톱만 바꿔주는 보조 인력까지 필요했다. 아래 동영상들 중에도 오르가니스트 뒤에서 서 있다가 스톱 변환이 필요한 대목에서 스톱 조정을 하는 보조자의 모습을 볼 수 있다.

위에 보이는 풀무의 경우 소형 파이프오르간은 페달 중에 연주용 외에 커다란 페달이 별도로 장착되어 있는데, 그 페달을 밟아야 블로워 팬이 작동하면서 에어탱크에 바람을 넣어주어 오르간을 작동시킬 수 있도록 한다. 대형 파이프오르간의 경우 그런 다리운동 되는 일은 없고, 저 멀리 지하 기계실 있는 곳에 오르간용 초고압 정압 다단 전기 블로워를 사용해 공기를 주입한다.