1836년
앤드루 유스틴과
호르헤 휴스턴이 설립했으며, 초기에는 항구와 운송 중심지로 성장하였다. 19세기 말 석유 산업이 발달하면서 도시 경제가 급격히 확대되었고, 20세기에는 항공 우주 산업과 의료 산업이 중심 산업으로 자리잡았다. 1900년대 초반부터 항만 개발과 철도 건설로 상업적 요충지가 되었으며, 1961년 존슨 우주 센터 개소 이후 우주 개발과 관련된 산업과 인구가 빠르게 증가하였다. 이후 휴스턴은 국제 무역, 에너지, 기술, 문화의 중심지로 성장하며 현재에 이르고 있다.