725년 당나라 시기에 '복이 있는 고을'이라는 뜻의 푸저우라는 이름을 얻었으며,
송나라 시대에는 과거 급제자를 대거 배출하며 문화적 전성기를 누렸다. 명나라 시기인
1405년에는
정화의 하서양 함대가 이곳을 기점으로 출항하기도 했다.
1842년 난징 조약으로 개항장이 된 이후 근대적인 교육과 해군 기지가 들어섰으며,
1949년 8월 17일 인민해방군에 의해 점령되어 오늘날의 행정 체제를 갖추게 되었다. 현재는 '삼방칠항'과 같은 고건축 보존 지구와 현대적 고층 빌딩이 공존하는 도시로 발전하고 있다.