포켓몬 불가사의 던전 시간의 탐험대·어둠의 탐험대(비교)

* [[유크시]]/[[엠라이트]]/[[아그놈]] - 특이한 위치[* 안개 호수는 공중 정원 마냥 산 꼭대기에 위치해 있으며, 땅밑 호수는 유사 동굴 아래에 위치해 있고, 수정 호수는 특정한 퍼즐을 맞춰야 갈 수 있는 큰 수정길에 위치해 있다.]에 있는 안개 호수/땅밑 호수/수정 호수의 수호자. 거기에다 호수에 잠들어 있는 시간의 톱니바퀴를 지키는 포켓몬이다. 이들과는 서로 텔레파시가 가능한 듯하다. 2회차 부터는 다시 이들이 있는 던전으로 가서 동료로 맞이할 수 있다.

* [[야느와르몽]] - 혜성처럼 나타나 단기간에 명성을 쌓아올린 모두에게 존경받는 탐험가.팀을 구성하지 않고 단독으로 행동하며, 많은 것을 알고 있다. 하지만 그 실체는... 자세한 건 야느와르몽 항목 참조.

* [[나무돌이]] - 전세계에서 시간의 톱니바퀴를 훔치고 있으며 이 때문에 푸크린 길드와 여러 탐험대에게 흉악범으로 수배중.야느와르몽도 이 녀석을 잡는데 협력한다. 역시 그 실체는 나무돌이 항목 참조.

* [[라프라스]] - 환상의 대지로 안내를 해주는 포켓몬. 과거 [[푸크린]]이 [[페라페]]와 바닷가 동굴을 탐험하다 [[암스타]]&[[투구푸스]] 무리에게 푸크린이 위기에 처하자 푸크린과 페라페를 구해준 포켓몬이다. 그 대가로 환상의 대지에 대해 푸크린이 비밀로 하겠다고 약속을 한 적이 있다. 환상의 대지로 가는 것을 선택받은 주인공 일행을 환상의 대지로 안내해주고, 나중에는 해변에 자리잡고 환상의 대지로 다시 대려다 주기도 한다.

* [[디아루가]] - '''1부 스토리의 최종보스.''' 정신을 잃고 미래 세계에서 주인공을 제거하려고 드는 포켓몬이다. [[야느와르몽|어떤 포켓몬]]을 주인공 일행을 제거시키는 자객으로 두고 있다.

* [[마나피]] - 주인공 일행이 폐쇄되어진 바다에서 구한 알이 부화해 나온 포켓몬.[* 여담으로 마나피의 알을 얻은 후에 다시 마나피의 알을 얻었던 장소로 가면 상자 3개가 있다. 안에는 구미나 부활의씨앗, 치유의씨앗 중 하나가 나오므로 참고.] 갓 태어났을 때 주인공 일행이 열심히 보살피다가 이후 환경이 맞지 않아 바다에서 키워지게 된다. 모든 스토리가 끝난 이후에는 주인공 일행에게 동료 신청을 한다. 여담으로 어렸을 때 보여주는 모습은 그야말로 [[심쿵사|플레이어의 심장을 강타한다.]]